Вымпел руководителя Федеральной службы по надзору в сфере транспорта утвержден постановлением Правительства Российской Федерации от 7 ноября 2008 года № 831. Порядок использования вымпела в настоящее время определяется Положением о флаге Федеральной службы по надзору в сфере транспорта, вымпеле руководителя Службы и вымпеле морских и речных судов, используемых службой для осуществления контроля в области морского и внутреннего водного транспорта, утвержденным этим же постановлением.
Вымпел представляет собой полотнище в виде равнобедренного треугольника голубого цвета с соотношением ширины и длины, составляющим один к трем.
Посередине полотнища от фаловой кромки к вершине расположена полоса синего цвета, ширина которой составляет одну шестую длины фаловой кромки вымпела.
В центре вымпела на расстоянии, равном одной двенадцатой его длины, изображена цветная эмблема Федеральной службы по надзору в сфере транспорта, размер которой составляет одну вторую длины фаловой кромки.
Размер: 25х80 мм