История инженерного полка Черноморского флота началась 15 октября 1922 года, когда была сформирована отдельная крепостная инженерная рота Одесского района группы крепостных батарей. После передислокации в Севастополь рота привлекалась к оборудованию оборонительных рубежей на подступах к городу. В 1942 году подразделение было переброшено в Новороссийск.
В дальнейшем рота участвовала в освобождении Таманского полуострова, Керчи, Крыма и Севастополя.
В октябре 1944 года рота была переформирована в отдельный инженерный батальон Черноморского флота.
С 01 декабря 2014 года на базе отдельного инженерный батальона Черноморского флота сформирован отдельный полк, который был оснащен современной техникой, позволяющей решать весь спектр инженерного обеспечения сил флота.