Нагрудный знак "Командир корабля" ВМФ России учрежден приказом Министра обороны Российской Федерации от 21 марта 1996 г. № 123 «Об учреждении нагрудных знаков «Командир корабля» и «За дальний поход»
Нагрудный знак "Командир корабля" вручается командирам кораблей и командирам подводных лодок при вступлении в командование кораблем на основании приказов Командующих флотами, Каспийской флотилией и командира Новороссийского военно-морского района.
Вручение нагрудного знака "Командир корабля" производится командованием соединения в торжественной обстановке.
Нагрудный знак с изображением крейсера вручается командирам надводных кораблей, с изображением подводной лодки - командирам подводных лодок.
Нагрудный знак "Командир корабля" носится на правой стороне груди в установленном порядке.
Право ношения этого нагрудного знака сохраняется за командирами надводных кораблей и командирами подводных лодок и при последующем их назначении на должности начальников штабов, заместителей командиров и командиров соединений и объединений кораблей.
При перемещении по службе на должности, не связанные с командованием кораблями, знак остается у офицера, адмирала без права ношения на военной форме одежды.
Нагрудный знак "Командир корабля" вручается офицерам один раз, и в случае утраты новый нагрудный знак не выдается.